Некоторые лекарства не рекомендуется принимать натощак, так как они повреждают слизистую желудка. Исследование, проведенное Венским университетом, показало, что кофе стимулирует секрецию желудочной кислоты и соков. Было высказано предположение, что это может увеличить риск развития язв, гастроэзофагеального рефлюкса, расстройства желудка и синдрома раздраженного кишечника. Исследование показало, что у некоторых пациентов чувствительность к кофеину выше и потребление может привести к различным клиническим проявлениям. У этих больных симптомы возникают как натощак, так и после еды.